自分は『金髪が生理的に受け付けない』という、超個人的な理由でフローラ一択です。ビアンカファンの方には申し訳ないですが、5回のプレイ全てでフローラを選択しています。
2回目以降、毎回今回はビアンカと結婚を…とは思うのですが、生まれてくる子供達も金髪になるのが精神的に堪えられず、結局選べず終いで現在に至ります。

さて、ゲームでの差異ですが、ステータスに大きな違いはありません。最終的にビアンカの方が力が10高く、フローラの方が身の守りが20高くなるくらいですね。
装備面ではビアンカが最強の兜である「メタルキングヘルム」を装備出来る分、優秀といえますが、使用呪文では「べホイミ」、「イオナズン」を覚えるフローラに軍配が上がります。
あとフローラを選ぶと途中で「2000ゴールド」、「みずのはごろも」の宝箱を貰える特典がありますが、これはそこまで意識しなくて良いでしょう。

結論としては、好きな方と結婚して良いと思います。
前線で一緒に戦うなら「イオナズン」を覚えるフローラがオススメですかね。「やまびこのぼうし」（唱えた魔法が山彦となってもう一度発動する）を装備すれば、どっかんどっかん敵を蹴散らしてくれます。でもそのプレイなら防御面で不安の少ない女の子にやってもらった方が良いという…
というわけで好みで決めましょう。ビアンカと結婚したほうが、周辺その他いろいろ丸く収まりそうですが、好みで問題無いです。